FUJI force field
・複合体マルチコンフォーメーション解析・結合自由エネルギー計算
・APOマルチコンフォーメーション生成、タンパク質間ネットワーク推定
開発責任者
藤谷 秀章（東京大学 先端科学技術研究センター 特任教授）主な開発者
藤谷 秀章（東京大学 先端科学技術研究センター 特任教授）山下 雄史（東京大学 先端科学技術研究センター 特任准教授）
内容
高精度タンパク質力場どんなことができるか
分子動力学シミュレーション等において、高精度分子軌道法計算の値に近いポテンシャル関数を提供する。関係論文
[1] H. Fujitani, A. Matsuura, S. Sakai, H. Sato, & Y. Tanida: "High-level ab initio calculations to improve protein backbone dihedral parameters" J. Chem. Theory Comput., 5, 1155-1165 (2009).[2] H. Fujitani, Y. Tanida and A. Matsuura:“Massively parallel computation of absolute binding free energy with well-equilibrated states”, Phys. Rev. E, 79, 021914 (2009).
[3] T. Yamashita et al., “Modified AMBER force-field (FUJI) parameters for sulfated and phosphorylated tyrosine residues: Development and application to CCR5-derived peptide systems” AIP Conf. Proc. (in press).
使用例
[1] T. Koyama et al., "A SNP in a Steroidogenic Enzyme Is Associated with Phenotypic Sex in Seriola Fishes", Current Biology 29, pp. 1901-1909 (2019).[2] T. Yamashita et al., "Affinity Improvement of a Cancer-Targeted Antibody through Alanine-Induced Adjustment of Antigen-Antibody Interface" Structure 27, 519–527 (2019)
[3]T. Yamashita et al., The Feasibility of an Efficient Drug Design Method with High-Performance Computers, Chem. Pharm. Bull., 63 (2015), pp. 147-155.
マニュアル・チュートリアル資料
藤谷秀章、"創薬基盤としての分子動力学シミュレーション技術" 学術の動向 22 巻 7 号 7_58-7_61 (2017)関連する教科書
1. M.P. Allen and D.J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids (Oxford)2. D. Frenkel and B. Smit Understanding Molecular Simulation: From Algorithm to Applications (2nd Ed) (Academic Press)
