研究開発

FUJI force field

・複合体マルチコンフォーメーション解析
・結合自由エネルギー計算
・APOマルチコンフォーメーション生成、タンパク質間ネットワーク推定
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開発責任者
藤谷 秀章(東京大学 先端科学技術研究センター 特任教授)

主な開発者
藤谷 秀章(東京大学 先端科学技術研究センター 特任教授)
山下 雄史(東京大学 先端科学技術研究センター 特任准教授)

内容
高精度タンパク質力場

どんなことができるか
分子動力学シミュレーション等において、高精度分子軌道法計算の値に近いポテンシャル関数を提供する。

関係論文
[1] H. Fujitani, A. Matsuura, S. Sakai, H. Sato, & Y. Tanida: "High-level ab initio calculations to improve protein backbone dihedral parameters" J. Chem. Theory Comput., 5, 1155-1165 (2009).

[2] H. Fujitani, Y. Tanida and A. Matsuura:“Massively parallel computation of absolute binding free energy with well-equilibrated states”, Phys. Rev. E, 79, 021914 (2009).

[3] T. Yamashita et al., “Modified AMBER force-field (FUJI) parameters for sulfated and phosphorylated tyrosine residues: Development and application to CCR5-derived peptide systems” AIP Conf. Proc. (in press).

使用例
[1] T. Koyama et al., "A SNP in a Steroidogenic Enzyme Is Associated with Phenotypic Sex in Seriola Fishes", Current Biology 29, pp. 1901-1909 (2019).

[2] T. Yamashita et al., "Affinity Improvement of a Cancer-Targeted Antibody through Alanine-Induced Adjustment of Antigen-Antibody Interface" Structure 27, 519–527 (2019)

[3]T. Yamashita et al., The Feasibility of an Efficient Drug Design Method with High-Performance Computers, Chem. Pharm. Bull., 63 (2015), pp. 147-155.

マニュアル・チュートリアル資料
藤谷秀章、"創薬基盤としての分子動力学シミュレーション技術" 学術の動向 22 巻 7 号 7_58-7_61 (2017)

関連する教科書
1. M.P. Allen and D.J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids (Oxford)

2. D. Frenkel and B. Smit Understanding Molecular Simulation: From Algorithm to Applications (2nd Ed) (Academic Press)

ソフトウェアのホームページ・入手方法
下記の問い合わせ先にご確認ください。

問い合わせ先
山下 雄史 (yamashita@lsbm.org)

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